Muhammad Ulinnuha menempuh pendidikan dasar dan menengah pertama di kampung halamannya, Solokuro Lamongan, melalui sebuah lembaga yang bernama Madrasah Miftahul Ulum.
Sementara pendidikan menengah atas ditempuh di sebuah kampung pesisir tak jauh dari rumahnya, tepatnya di MAK PP. Tarbiyatut Tholabah, Kranji Paciran Lamongan.
Setelah menyelesaikan pendidikan menengah atas, M. Ulinnuha melanjutkan studinya di LIPIA Jakarta (2000-2002), sebelum akhirnya mendapatkan beasiswa studi S-1 ke Universitas Al-Azhar Kairo (20022006).
Di negeri siribu menara inilah, Cak Ulin, demikian panggilan akrabnya, berhasil mereguk kearifan, keteladanan dan kedalaman ilmu para ulamanya dalam berbagai bidang ilmu, khususnya disiplin Tafsir dan ‘Ulumul Qur’an.
Saat ini, selain menjalankan amanat sebagai Dekan Fakultas Ushuluddin & Dakwah Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) Jakarta, ia pun aktif mengajar di IIQ Jakarta, UNUSIA Jakarta, STIQ Al-Hikam Depok, Pusat Studi Al-Qur’an (PSQ) dan beberapa perguruan tinggi dan majelis ilmu lainnya.
Selain mengajar, sebagai aktivitas utamanya, peraih Juara I dan Dewan Hakim Cabang Menulis Makalah Al-Qur’an (MMQ) MTQ Nasional ini juga aktif mengikuti seminar, baik nasional maupun internasional, baik sebagai peserta maupun pembicara.
Di samping itu, ia juga banyak terlibat di berbagai organisasi, baik organisasi keilmuan di lingkungan kampus, maupun organisasi sosial-religio kemasyarakatan, seperti di MUI dan NU.
Tak hanya itu, Sekum Pengurus Pusat Jam’iyatul Qurra’ wal Huffazh (JQH) ini juga kerap meneliti, menulis artikel di berbagai media dan jurnal ilmiah, mengedit, menerjemahkan dan juga menulis buku.