Prof. Dr. Faisal Ismail lahir di Sumenep, Madura pada 15 Mei 1947. Ia telah menyelesaikan pendidikannya di Sekolah Rakyat Negeri pada tahun 1959.
Setelah itu, Prof. Dr. Faisal Ismail melanjutkan pendidikan di Pendidikan Guru Agama Negeri Pamekasan tahun 1963 dan Pendidikan Hakim Negeri Yogyakarta tahun 1966.
Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga dipilihnya untuk melanjutkan program S1 tahun 1973, kemudian melanjutkan Pendidikan S2 di Colombia University tahun 1988, New York dan Pendidikan S2 di McGill University, Canada tahun 1995.
Prof. Faisal Ismail pernah menjabat sebagai Dekan Fakultas Dakwah (1997 – 2000) dan pernah menjabat sebagai Direktur Program Pasca Sarjana sejak Februari – Mei tahun 2000.
Perjalanan kariernya selain menjadi dosen, Prof. Faisal pernah menjabat sebagai Kepala Bidang Litbang Agama dan Diklat Keagamaan di Kemenag RI Jakarta pada tahun 2000 – 2002.
Ia pun pernah menjadi Sekretaris Jenderal pada 2002 – 2006 dan Staf Ahli Menteri Agama bidang Hukum dan Hak Asasi Manusia pada bulan Juli – November 2006.